Wawel Zaginiony
Wystawa Wawel Zaginiony w obecnym kształcie została udostępniona zwiedzającym w r. 1975. Kontynuuje ona tradycje dwóch poprzednich wystaw poświęconych historii wzgórza wawelskiego, zorganizowanych w pobliżu reliktów rotundy śś. Feliksa i Adaukta (Najświętszej Marii Panny), wzniesionej na przełomie w. X i XI. Sale wystawowe obejmują m. in. budynek dawnych kuchni królewskich i wozowni. Wyjątkowy charakter wystawy polega na połączeniu różnych typów ekspozycji muzealnej. W obrębie rezerwatu archeologiczno-architektonicznego, poza zabytkami architektury z różnych okresów zabudowy wzgórza, są eksponowane w sposób tradycyjny obiekty pochodzące z badań archeologicznych oraz modele budowli. W jednej z sal można podziwiać bogatą kolekcję renesansowych kafli.
Sala kafli
Zbiór kafli z w. XVI-XVII, pochodzących z pieców znajdujących się w komnatach zamku królewskiego. Jest to najcenniejszy tego typu zespół w Polsce. Wyróżnia go bogata dekoracja plastyczna z elementów figuralnych, stylizowanych motywów roślinnych i zwierzęcych oraz herbów. Ekspozycję uzupełniają modele pieców.
Detale architektoniczne związane z dziedzińcem arkadowym. Odzyskał on swój pierwotny wygląd w czasie prac konserwatorskich prowadzonych pod kierunkiem Zygmunta Hendla. Oryginalne elementy kamieniarki, które zastąpiono kopiami, stanowią znaczącą część zbioru wawelskiego lapidarium.
Wawelskie lapidarium to zbiór kamiennych rzeźb i detali architektonicznych pozyskanych w trakcie prac konserwatorskich, oraz badań archeologicznych prowadzonych na terenie wzgórza niemal od stulecia. W części wystawy, poświęconej kamiennej dekoracji budowli, jest eksponowany wybór najcenniejszych wawelskich obiektów. Są one prezentowane nie tylko jako elementy wystroju architektonicznego, ale mają za zadanie również ilustrować losy związane z przekształceniem historycznych budowli Wawelu. W kolejnych salach zgrupowano: detale architektoniczne związane z dziedzińcem arkadowym – fragmenty kamieniarki pochodzące z wystroju pałacu królewskiego oraz detale odnalezione w czasie prac archeologicznych na dolnym tarasie ogrodów królewskich, a także zabytki związane z katedrą wawelską. Dużą atrakcją lapidarium jest ekspozycja gipsowych odlewów dekoracji Kaplicy Zygmuntowskiej.
Fragmenty kamieniarki pochodzące z wystroju pałacu królewskiego oraz zespoły detali odnalezionych w czasie prac archeologicznych na dolnym tarasie ogrodów królewskich.
Zabytki związane z katedrą wawelską. Wśród nich – fragmenty renesansowej nastawy ołtarzowej z r. 1521, wykonanej w warsztacie pracującym przy Kaplicy Zygmuntowskiej, tympanon z nagrobka biskupa krakowskiego Piotra Tylickiego (z lat 1613-1615) oraz marmurowa figura św. Antoniego Opata z r. 1558.
Ekspozycja gipsowych odlewów dekoracji Kaplicy Zygmuntowskiej. Najstarsze odlewy powstały w latach 1868-1874, w oparciu o formy zdjęte prawdopodobnie przez krakowskiego rzeźbiarza Parysa Filippiego. Kopie wykonały uczennice Kursów dla Kobiet przy Muzeum Techniczno-Przemysłowym w Krakowie. Zreprodukowano je w „Albumie ozdób z kaplicy Zygmuntowskiej...” wydanym w r. 1878.
Rotunda śś. Feliksa i Adaukta
Rezerwat archeologiczno-architektoniczny wokół rotundy śś. Feliksa i Adaukta (Najświętszej Marii Panny) w. X/XI. Najważniejszy architektoniczny obiekt w obrębie rezerwatu. Odsłonięta i zrekonstruowana w latach 1917-18. Posadowiona wprost na skale, w formie walca, z przylegającymi do niego czterema absydami. Dodatkowo od strony południowej wyposażona w kolisty aneks, połączony z wnętrzem budowli otworem komunikacyjnym. Zbudowana z płytkowych kamieni piaskowcowych wiązanych zaprawą wapienną. Relikty budowli wznoszą się na wysokość 3-7 m. (absyda południowo-wschodnia). Pierwszą przestrzenną rekonstrukcję bryły budowli przedstawił jej odkrywca i badacz Adolf Szyszko-Bohusz (model eksponowany na wystawie).
Wozownia królewska
Wozownia królewska W pomieszczeniach są eksponowane zabytki pochodzące z badań archeologicznych na wzgórzu wawelskim. Materialne ślady codziennego życia mieszkańców w okresie średniowiecza zostały umieszczone w gablotach, pogrupowane według materiałów z jakich zostały wykonane. Uzupełniają je detale i odlewy gipsowe korespondujące z modelami budowli średniowiecznych. Najciekawszym zabytkiem jest płyta nagrobna z wyobrażeniem drzewa życia, pochodząca z przedromańskiej dwuabsydowej rotundy (tzw. kościoła B)
Mała kuchnia
Pomieszczenie, w którym zachowały się elementy wyposażenia XVI-wiecznej kuchni królewskiej: fundamenty filarów podtrzymujących okap kominowy, pozostałości pieców kuchennych, oryginalna posadzka ceramiczna. W gablotach są prezentowane późnośredniowieczne wyroby ceramiczne: płytki posadzkowe, kafle oraz naczynia kuchenne i stołowe. Wyeksponowano także modele gotyckiej katedry (w. XIV) i psałterii fundacji Jana Długosza (w. XV).
Wawel Zaginiony
Wawel. Królestwo odkryte
